Ambas formas son correctas. Bota se refiere a un calzado que cubre el pie y una parte de la pierna: La bota se desgasto. Vota se refiere a la acción de votar, o a hacer votos religiosos: Mañana mi prima hará sus votos religiosos.
Son palabras homófonas, es decir, se pronuncian igual pero su significado es diferente.