Ambas formas son correctas. Baqueta se refiere a la varilla utilizada en diversos oficios. También, a los palillos del tambor. O, tratar con desprecio o severidad: El baterista no encuentra sus baquetas. Vaqueta se refiere al cuero obtenido de la ternera: El señor fue a comprar vaquetas.
Son palabras homófonas, es decir, se pronuncian igual pero su significado es diferente.